Военный комиссариат Новосибирской области был сформирован 18 сентября 1938 года на основании Постановления Совета народных комиссаров от 7 июля 1938 года. В его подчинение входили 93 городских и районных военных комиссариата, он охватывал территорию нынешних Новосибирской, Кемеровской и Томской областей.

С 1941 по 1945 год военный комиссариат Новосибирской области призвал и поставил в формируемые части и на пополнение фронту более 700 тысяч человек, поставили тысячи единиц техники из народного хозяйства, обеспечили всеобщее военное бучение граждан, внеся тем самым важных вклад в достижение победы над фашистской Германией.

Немалая заслуга военного комиссариата Новосибирской области есть и в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. Благодаря профессиональной деятельности сотрудников военкомата для проведения аварийных работ из запаса были призваны десятки граждан, тем самым было обеспечено выполнение огромного комплекса работ по ликвидации последствий ядерной аварии.

В военном комиссариате Новосибирской области служили, трудились (а некоторые продолжают и в настоящее время) 32 сотрудника, проявивших мужество и героизм при участии в Великой Отечественной войне, боевых действий на территориях Демократической Республики Афганистан и Северо-Кавказского региона, при ликвидации последствий аварии на ЧАЭС.

В настоящее время на военный комиссариат области возложены задачи, от своевременного выполнения которых зависит состояние боевой и мобилизационной готовности соединений и воинских частей Центрального военного округа и Вооруженных Сил в целом: подготовка молодежи к военной службе, учет мобилизационных людских и транспортных ресурсов, планирование мобилизации на территории Новосибирской области, организация и проведение призыва граждан на военную службу.